Lincoyán Nery Cáceres Peña murió ese día a las 13:45 horas, en el Hospital Regional de Copiapó, por traumatismo cráneo-encefálico, como acredita el Certificado Médico de Defunción suscrito por médico legista.

De acuerdo con el proceso judicial que se inició por su muerte, Lincoyán Cáceres fue detenido el 4 de mayo de 1989, por orden del Juzgado del Crimen de Chañaral en la investigación de un delito común.

Fue ingresado al Centro de Readaptación Social de la ciudad cerca de las 12:05 horas, en calidad de incomunicado; y a las 18:05 horas de ese mismo día, como se consignó en el Libro de Novedades de la Guardia de Gendarmería, lo enviaron de urgencia al Hospital Local de Copiapó, debido a que «presentaba al parecer ataque de epilepsia». Tres días después, fue trasladado al Hospital Regional de Copiapó, donde falleció. En este último recinto hospitalario, según su ficha médica, Lincoyán Cáceres, ingresó «inconsciente, inmóvil y en coma profundo».

En la investigación judicial, tanto el médico legista como los médicos tratantes coincidieron en que Lincoyán Cáceres presentaba un severo traumatismo cráneo-encefálico con múltiples fracturas craneanas, y que sus lesiones, ocasionadas con algún objeto contundente, eran atribuibles a terceras personas.

Otros detenidos que se encontraban en el sector de incomunicados del penal, declararon en el proceso que una hora después de la llegada de Lincoyán Cáceres, escucharon golpes y quejidos.

Al momento de ser conocido este caso por el Consejo Superior, en la investigación judicial, que se encontraba pendiente, un funcionario de Gendarmería había sido acusado por el cuasidelito de homicidio de Lincoyán Cáceres.

Considerando los antecedentes reunidos y la investigación realizada por esta Corporación, el Consejo Superior llegó a la convicción de que Lincoyán Nery Cáceres Peña falleció como consecuencia de los golpes que le propinaron agentes del Estado, mientras se encontraba privado de libertad. Por esta razón, lo declaró víctima de violación de derechos humanos.