Juan Fernando Navarro Cáceres murió ese día a las 2:00 horas, en el Hospital de Arica, debido a un TEC grave, fractura de la base del cráneo y una contusión cerebral grave, según indica el Certificado de Defunción y el Protocolo de Autopsia.

De acuerdo con declaraciones de familiares y testigos presenciales de los hechos, el 30 de noviembre alrededor de las 24:00 horas en circunstancias que Juan Navarro en horas de toque de queda se dirigía desde su domicilio, ubicado en la población 11 de Septiembre, a su lugar de trabajo para cumplir con turno nocturno fue detenido por una patrulla militar. Lo registraron y, a punta de golpes de pie y culatazos, lo subieron al vehículo en que se movilizaban los uniformados. Horas más tarde fue encontrado en la vía pública, gravemente herido. Trasladado al Hospital de Arica, falleció momentos después.

El parte de Carabineros que dio inicio al proceso señala que la causa de la muerte fue un atropellamiento, lo que posteriormente fue desvirtuado en la investigación judicial por el Informe de Autopsia y la declaración del médico legista que lo suscribió, quien aseguró que el tipo de lesiones que ocasionaron la muerte a Juan Navarro no son las propias de un atropello. Agregó que «llama la atención la falta de erosiones y contusiones múltiples que se observa en los sujetos atropellados.»

Considerando los antecedentes reunidos y la investigación realizada por esta Corporación, el Consejo Superior declaró a Juan Fernando Navarro Cáceres víctima de violación de derechos humanos, teniendo presente que en su muerte tuvieron decisiva influencia los golpes y malos tratos a que fue sometido por parte de agentes del Estado durante su detención.