Francisco Guillermo Flores murió ese día a las 6:30 horas, en la vía pública, por dos heridas de bala con salida de proyectil, una facio cérvico torácica y otra torácica, según consigna el Certificado Médico de Defunción del Instituto Médico Legal.

Fue detenido en la mañana del 17 de septiembre de 1973, en las afueras de su lugar de trabajo, la industria ELECMETAL ubicada en avenida Vicuña Mackenna con calle Maule, por efectivos de Ejército y Carabineros que practicaron un operativo en el lugar. Su familia logró ubicar sus restos el 26 de septiembre, luego de una intensa búsqueda en diferentes hospitales y recintos de detención.

Durante ese operativo también fueron detenidos los trabajadores de la misma industria José Rosa Devia Devia, Miguel Alberto Fernández Cuevas, Juan Dagoberto Fernández Cuevas, José Maldonado Fuentes y Augusto Alcayaga Aldunate, quienes fueron ejecutadas al día siguiente. Sus casos fueron conocidos por la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación, que los declaró víctimas de violación de derechos humanos.

La industria ELECMETAL permaneció ocupada por militares desde el 11 de septiembre hasta el día 16 de septiembre de 1973, fecha en que se reiniciaron las actividades de la industria. Al día siguiente se presentaron nuevamente carabineros y militares, los que procedieron a detener en forma selectiva a algunos obreros y empleados, en su mayoría dirigentes sindicales.

Atendidos los antecedentes reunidos y la investigación realizada por esta Corporación, el Consejo Superior llegó a la convicción de que Francisco Guillermo Flores fue detenido y ejecutado por agentes del Estado al margen de proceso legal. En consecuencia, lo declaró víctima de violación de derechos humanos.